Segmentación automática de imágenes de microscopio con aplicación en la morfogénesis de hojas

Investigador(a) a cargo: Nicolás Barnafi.

Fecha de comienzo y término de práctica: Se desarrollará entre diciembre y febrero (Flexible).

Fecha límite de postulación:  Viernes 21 de noviembre de 2025.

Modalidad: Presencial o híbrido (Flexibilidad horaria según los meses de trabajo).

Lugar: Centro de Modelamiento Matemático (CMM), Beauchef 851, Edificio Norte, piso 7.

Requisitos

  • Flexibilidad en la formación, con preferencia por carreras más informáticas/matemáticas.
  • Estar al menos en 4to año de carrera.
  • El trabajo deberá ser desarrollado en Python o Julia.

Descripción

Durante su desarrollo, algunas hojas de plantas desarrollan fascinantes
estructuras de puzle llamadas ‘células de pavimento’. Si bien su
geometría ha sido estudiada, no se conoce muy bien su dinámica de
desarrollo, distribución espacial ni la justificación mecánica de dicha
geometría. Para eso, el primer paso es lograr procesar imágenes de
microscopio de dichas células, y que este proceso sea robusto y replicable.


Este proyecto busca generar un software de segmentación y clasificación
celular para imágenes de células de hojas. Actualmente este es un
proceso que se realiza manualmente, por lo que hay una gran oportunidad
de hacer un desarrollo de alto impacto para una comunidad normalmente
alejada de las matemáticas. Más concretamente, el proyecto consiste en:

  • El estudio y análisis del estado del arte en segmentación automática
    de células, de sus propiedades geométricas y de sus descriptores
    estadísticos espaciales.
  • Aplicación y evaluación de ejecución de algoritmos calibrados para las
    células de hojas
  • En caso de ser necesario, se evaluará la necesidad de desarrollar
    alguna mejora a los algoritmos existentes en caso de obtener resultados
    poco robustos.

El proyecto se realizará en un grupo interdisciplinario de académico\as
y estudiantes de Matemática, Ingeniería Matemática, y de Ciencias
Biológicas.

Formulario de postulación

Completar una única vez el formulario con sus tres preferencias. En el caso de enviar otra, favor de aclarar que el último formulario enviado es el que corresponde a su preferencia final.